Hasta el día de hoy, son 24 equipos los que ya se encuentran clasificados para disputar la Copa Sudamericana 2009, provenientes de las diversas asociaciones de nuestra región.

Estos son los clasificados por países:

- Argentina: Boca Juniors, Lanús, River Plate, Vélez Sarsfield

- Bolivia: La Paz FC, Blooming

- Brasil: Internacional (campeón 2008), Flamengo, Coritiba, Goias, Botafogo, Vitoria, Atlético Mineiro, Fluminense, Atlético Paranaense

- Chile: Unión Española

- Colombia: La Equidad, Deportivo Cali

- Paraguay: Libertad, Cerro Porteño

- Perú: Cienciano, Alianza Atlético

- Venezuela: Deportivo Anzoátegui, Zamora FC

El resto de cupos serán completados por aquellos equipos que restan por conseguir los cupos respectivos en los campeonatos nacionales de cada país y que se conocerán en los próximos días.