Conforme avanzan los días se van conociendo más equipos clasificados a la Copa Libertadores 2006, mientras se van definiendo los torneos de cada uno de los países participantes.

Es así que de los 38 participantes en total ya se conocen los nombres de 31, hasta el día de hoy.

A continuación la relación de los mismos, por país, y de los cupos que quedan por definir:

Argentina (5 cupos)
- Clasificados
1. Newells Old Boys: Campeón Torneo Apertura 2004/2005
2. Vélez Sarsfield: Campeón Torneo Clausura 2004/2005
3. Estudiantes de La Plata: Puntaje mayor 2004/2005
4. Rosario Central: 2do puntaje mayor 2004/2005
5. River Plate: 3er puntaje mayor 2004/2005

Bolivia (3 cupos)
- Clasificados
1. Bolivar: Campeón Torneo Adecuación 2005
2. The Strongest: Sub campeón Torneo Adecuación 2005
3. Oriente Petrolero: Tercer puesto Torneo Adecuación 2005

Brasil (5 cupos + actual campeón)
- Clasificados
1. Sao Paulo: Campeón Copa Libertadores 2005
2. Paulista: Campeón Copa Brasil 2005
3. Corinthians: Campeón de Brasil 2005
4. Internacional: Segundo en campeonato de Brasil 2005
5. Goias: Tercero en campeonato de Brasil 2005
6. Palmeiras: Cuarto en campeonato de Brasil 2005

Chile (3 cupos)
- Clasificados
1. Unión Española: Campeón Torneo Apertura 2005
.. Universidad Católica: Puntaje mayor 2005

- Por clasificar
.. Campeón del Torneo Clausura

Colombia (3 cupos)
- Clasificados
1. Atlético Nacional: Campeón Copa Mustang I 2005
3. Independiente Santa Fe: Puntaje mayor 2005

- Por clasificar
.. Campeón Copa Mustang II 2005

Ecuador (3 cupos)
- Clasificados
1. Liga Deportiva Universitaria: Campeón Torneo Apertura 2005

- Por clasificar
.. Campeón Torneo Clausura 2005
.. Segundo hexagonal final Torneo Clausura 2005

México (3 cupos)
- Clasificados
1. Pumas UNAM: Campeón Torneo Apertura y Clausura 2004

- Por clasificar
.. Campeón Interliga
.. Segundo Interliga

Paraguay (3 cupos)
- Clasificados
1. Cerro Porteño: Campeón 2005
3. Nacional: Puntaje mayor 2005

- Por clasificar
.. Subcampeón 2005

Perú (3 cupos)
- Clasificados
1. Cienciano: Campeón Torneo Apertura 2005
2. Sporting Cristal: Campeón Torneo Clausura 2005
3. Universitario: Puntaje mayor 2005

Uruguay (3 cupos)
- Clasificados
1. Nacional: Campeón Torneo Especial 2005
2. Rocha: Campeón Torneo Clausura 2005
3. Defensor Sporting: Puntaje mayor 2005

Venezuela (3 cupos)
- Clasificados
1. Maracaibo: Campeón 2004/2005
2. Caracas: Subcampeón 2004/2005
3. Deportivo Táchira: Tercer lugar 2004/2005